Die Gesellschaft C kann "ihren" Wert nicht doppelt austauschen, er ist ja nur ein mal da.
Die Aussage "Verschmelzung durch Aufnahme ist Austauschvertrag nach § 97 Abs. 3" (siehe ausführlich mit den Hinweisen danach Notarkasse a.a.O., Rn. 1292 ff.) ist dahin zu verstehen, dass fast immer der Aktivwert des übertragenden Rechtsträgers maßgebend ist, sowie nicht als Gegenleistung Gesellschafts- oder Mitgliedsrechte am Vermögen des aufnehmen Rechtsträgers gewährt werden, die einen höheren Wert haben.
So gesehen ist es natürlich nicht möglich, den Gesamtwert C "doppelt" sowohl bei Verschmelzung A auf C als auch B auf C anzusetzen, da es C ja nur ein mal gibt. Darüber hinaus wäre natürlich genauer zu untersuchen, wie hoch die Gesellschafts- oder Mitgliedsrechte, die A und B gewährt werden, wirklich genau sind (siehe genauer Urkundeninhalt).
In der Praxis ist es wie gesagt fast immer so, dass keine höheren Werte für als Gegenleistung gewährte Rechte als das Aktivvermögen des übertragenden R.-trägers ersichtlich sind.
Wegen der HR.-Anmeldung/en (es ist ja i.d.R. gesondert anzumelden sowohl bei den übertragende/n Rechtsträgers als auch beim übernehmenden Rechtsträger) siehe Notarkasse a.a.O. Rn. 1312 ff.
Geschäftswert jeweils nach § 105 Abs. 4 Nr. 1 - 4; die Kapitalerhöhung wäre in der betr. Anmeldung als gegenstgandsverschieden hinzuzurechnen (Notarkasse Rn. 1314).
Bei Zusammenfassung in nur einer Anmeldung (ungewöhnlich, aber wohl möglich?) wären die betroffenen darin enthaltenden Anmeldevorgänge zu addieren, Höchstwert 1.000.000 Euro gilt jedoch dann - soweit erreicht - für die Summe und nicht einzeln, da so gesetzlich bei der Höchstwertvorschrift § 106 S. 2 GNotKG angeordnet.
Vorsorglich noch für vergleichbare Fälle in Eurem oder anderen Büros der Hinweis, eingehende Kostenberechnungsvorschläge extern fertigen zu lassen im Rahmen des auf der nach meinem Nachnamen benannten Internetseite
http://www.filzek.de angebotenen Notarkosten-Dienst-Angebots (wegen der Einzelprüfung für Lesen und Schreiben des Bewertungsvorschlags incl. evtl. Literaturrecherche / Kurzgutachten nur entgeltlich möglich für geringes Stundenhonorar).
P.S. Nachträglich fällt mir noch auf, dass die für A und B genannten Werte für "Vermögen" merkwürdig rund aussehen. Maßgeblich sind eigentlich immer die Aktivwerte nach der Verschmelzungsbilanz, und das sind i.d.R. meist ziemlich krumme Beträge und nicht so runde Summen wie hier. Evtl. wurde ein eingetragenes Stammkapital / Nominalwert zugrunde gelegt? Das wäre nicht richtig. Oder handelt es sich nur um gerundete Beispielswerte, um die Berechnung für Leser "einfacher" zu machen?